Untuk mencapai Visi tersebut, SMA Negeri 1 Bondowoso mengembangkan Misi sebagai berikut:

1. Menanamkan pendidikan karakter religius, nasionalisme, integritas, mandiri, dan gotong royong dalam setiap pelaksanaan pembelajaran dan kegiatan akademik di lingkungan sekolah
2. Melaksanakan pembelajaran dan pembimbingan dengan memanfaatkan sarana dan prasarana yang berbasis pada teknologi informasi dan komunikasi (TIK) dan dengan memperhatikan perkembangan metode dan strategi pembelajaran yang mutakhir.
3. Menumbuhkembangkan minat, bakat, dan potensi peserta didik baik dalam kegiatan intrakurikuler maupun ekstrakurikuler.
4. Menumbuhkembangkan sikap kemandirian peserta didik dalam program kegiatan yang terencana dan berkesinambungan.
5. Meningkatkan dan mewujudkan sarana prasarana sekolah sesuai dengan perkembangan dan kemajuan zaman dan berbasis lingkungan.
6. Meningkatkan komunikasi dan kerjasama antarwarga sekolah dan lembaga lain baik bidang akademik maupun non akademik.